近日,国科大杭高院环境学院2020级硕士生赵静以第一作者以质谱流式成像技术的数据分析方面为主题,在分析化学领域顶级学术期刊Trends in Analytical Chemistry (IF=14.908)发表了以“Insights into highly multiplexed tissue images: a primer for Mass Cytometry Imaging data analysis”为题的综述文章
多路复用组织成像技术可用于同时表征高维分子特征和组织结构,在人类健康与疾病的研究中发挥出重要作用。质谱流式成像技术(Mass Cytometry imaging,简称MCI)包括成像质谱流式(IMC)和多路离子束成像(MIBI),他们分别能以1 μm和250 nm的分辨率同时对四十种以上的蛋白质及其修饰物进行成像。有效地从多路组织图像中提取空间信息和高维蛋白表达谱,分析复杂的组织微环境,则依赖于数据分析方法。为此,文章梳理了质谱流式成像数据分析的流程,总结了各个步骤中可用的生物信息学工具,重点介绍了对多路组织图像进行单细胞分割和空间分析的最新方法。最后,文章展望了质谱流程成像在技术发展,数据分析需求和应用趋势等方面的前景与挑战。
该综述可以为使用质谱流式成像技术的研究者提供数据分析的方法指南,为生物信息学方法和工具的开发者提供参考建议。
本文通讯作者为王亚韡工作室曲广波教授。本论文的工作得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金和中科院青促会等项目的支持。
论文链接:https://doi.org/10.1016/j.trac.2022.116794